我国农产品加工业大而不强，我国农产品加工率只有55%，低于发达国家80%的水平，果品加工率只有10%，低于世界30%的水平，肉类加工率只有17%，低于发达国家60%的水平，我国农产品加工和农业产值2.2：1比值，低于发达国家3-4：1比值。比如，我国柑橘种植面积排名全球第一，每年却要从巴西、以色列等地进口70%—80%的橙汁，究其原因，与国家没有发挥税收杠杆作用，压缩了农产品深加工企业利润空间和发展空间，影响了农产品深加工企业的积极性有关。

农产品深加工企业增值税税负偏高，不利于农产品加工企业的发展壮大。按照税收政策规定，农产品加工企业加工的产成品，如果不是《农业产品征税范围注释》的产品，则视为工业品按13%计提销项税额，如棉花加工成棉纱，黄豆加工成豆酱或酱油。由于这些产品的加工原材料属子适用9%税率的农产品，由此造成深加工产品税率与原材料进项抵扣率之间的差异。表面上看来，从事农产品深加工的企业享受了初级农产品的抵扣优惠，但实际上却由于“高征低扣”成企业的增值税税负高于其他企业，显然不利于农产品深加工企业的生存与发展。目前我国农产品加工的一个主要发展方向是深化农产品的加工程度，提高农产品附加值，因此政府需要采用一定手段降低企业的增值税税负，以促进农产品深加工企业的发展壮大。